Teoricamente va por afinidad de ese personaje hacia el prota, aunque me parece que no hay una barra/medidor que lo represente. Durante los viajes entre un planeta y otro, estas en la nave y al hablar con los personajes se activan unas escenas o conversaciones y dependiendo de lo que respondas o de las que veas ganas afinidad con ese personaje (que sea compañero de habitacion tambien influye). Algunas son consecutivas, es decir, que necesitas activar la primera para que se activen las siguientes y algunas son escluyentes, que si ves una con un personaje no puedes ver otra de otro personaje. Y casi al final del juego con unos objetos especiales se activan las ultimas conversaciones/escenas.
Si lo que quieres es conseguirlas todas en una misma partida buscate una guia por que sino es casi imposible, eso si spoilers te vas a comer por un tubo.