Yo creo que es la misma Hermandad, os explico mi teoría rápida.
El juego transcurre unos años despues de Fallout 3, en Yermo Capital ya se ha asentado todo el proyecto Pureza y no hay amenazas graves después de la destrucción de las bases del Enclave.
La Hermandad del Acero, que todos sabemos que principalmente se dedica a la "caza" de tecnología, habrá emigrado a Boston dos o tres años después de los eventos de Fallout 3, probablemente en busca de el Instituto y su tecnología para crear androides.
Al no haber ningún proyecto humanitario de por medio, preveo que veremos una Hermandad mas cruel, como la que vimos en New Vegas, quizá algo peor, no creo que sean los enemigos, pero seguro que tendremos opción de escoger un bando, y me avnturo a decir que las opciones seran, La Hermandad del Acero (Neutral), El Instituto y probablemente restos del Enclave (Malo) y alguna facción a favor de la población de Boston (Bueno)