Ayer estuve probando el Nintendont en mi Wii precisamente con dos particiones, una wbfs y una fat32 y sólo reconocía la wbfs.
De todas formas no sé si es fiable, porque tampoco me reconocía las isos que tenía en la sd (carpeta games en la raíz de la sd, carpetas con el nombre del juego, y dentro de cada carpeta un archivo llamado game.iso)
USB Loader Gx tampoco me reconoce las ISOS de gamecube ni en la SD ni en la segunda partición del disco (aún teniendo activa la función Multi partition en el menú de ajustes)
Simplemente copié Nintendont a la carpeta apps de la SD, lo cargué, actualicé desde la app, incluyendo el archivo controllers y instructions. No sé si me habré saltado algún paso o algo, alguna idea de qué puede estar pasando?
La SD a veces hace cosas raras en el ordenador, igual pruebo a cambiarla y empezar de cero...