Bueno ya he dado pinceladas pero resumo mi teoria
Los rinnegan que aparecen siempre son los de madara, no puede ser existan tanto power up suelto.
Madara desperto el rinnegan antes de luchar por segunda vez contra el 1º y fue a esa batalla con la intencion de morir para obtener celulas del primero, porque?( y con esto se explica el porque el rinnegan no se lo pone tobi/izuna directamente y se lo dan a un uzumaki), y es porque como a kishi le gusta repetir historias, el rinegan es el poder del sabio de los 6 caminos, el cual poseia aparte de los ojos un cuerpo y un chacra capaces de aguantarlo, es decir, cuando madara en sus ansias de poder desperto el rinnegan le pasaba algo parecido a lo que le pasa a kakashi, se debilita enseguida y necesitaba las celulas de los senju, bueno pues muere por la causa
Tobi su hermano izuna es el que le va ayudar a controlar semejante poder y es el que se pone a investigar con las celulas del primero, no vas a experimentar sobre uno mismo directamenteXD, y crea a zetsu, ahora mismo por las prisas a cometido un error ponerse el rinnegan sin estar preparado, el propio zetsu le dice algo que puede interpretarse por " estas corriendo demasiado"
Esto explica tambien porque le dan los ojos a nagato, tobi no podria aguantar semejante poder como ya he exlicado, y necesitaban a alguien para resucitar a su hermanito, un uzumaki que casualmente nos lo han vendido como uno de los chacras mas poderosos del manga y que saben que puede retener al 9 colas, os suena? con estos datos esta claro que pensaban que era un descendiente de los senju,soportar el rinegan y controlar a las bestias todo lo que necesitaban, recordemos tambien que kain de orochimaru tambien es uzumaki, casualidad?
Y tambien para ser un jinchuriki y mas del 10 colas necesitan las celulas de los senju, que volvemos a recordar son las que aportan la resistencia al cuerpo y el chacra necesario para ser un buen jinchuriki
Y para terminar ese el power up de kabuto a madara zombie, le ha implantado celulas del primero
Y ya esta