Si nos ceñimos al manga, y a la "teoria" de que las pistas que se van dando al final acaban siendo ciertas (Yondaime -> Naruto, Tobi -> Obito, etc.), podríamos descartar que Hashirama haya tenido ninguna relación con Madara luego de la batalla del Valle del Fin. Suponemos, que como el resto de Kages, han muerto sacrificándose por la villa en combate.
Puede ser que Madara hubiera conseguido matar a Hashirama tras dicha batalla, siendo así explicaría por qué posee células y por tanto técnicas del mismo. Sigo pensando que la primera persona en despertar el Rinnegan ha sido Nagato, aunque sus ojos no fueran suyos y fueran los ojos de un Uchiha, aunque por cronología dudo que fueran los de Madara. No tendría sentido que Madara esperara tanto tiempo para ceder sus ojos a un Uzumaki/Senju pudiéndolo haber hecho antes en cualquier momento, tenía que ser Nagato por algún motivo.
Por otro lado, iene que haber una tercera persona que haya tenido relación con Madara y lo haya ayudado durante todo el tiempo que Madara permanece oculto.