El gran dilema que tienen todos los creadores de mundos abiertos es ese : historia vs libertad y exploración.
Todd Howard decía recientemente que para el futuro de sus juegos de mundo abierto quería profundizar más en la historia pero eso significaría sacrificar el mayor activo que tienen sus juegos, que es que la historia la hace el propio jugador. Cuanto más peso tiene la historia, más encarrilado va el juego y menos libertad tiene el jugador.
El interés de los sandbox es la exploración, la libertad, los eventos aleatorios, el día a día, hacer lo que te da la gana. Por eso se potencian las secundarias y sobre todo las actividades extras (comercio, crafteo, pesca, caza, oficios varios, recados, aprendizaje de habilidades, construcción de hogares, matrimonio, adopción de hijos...), en detrimento de la historia principal.
Con una historia principal demasiado preponderante todo esto pierde su interés. Vas al grano. Tu objetivo no te permite dedicarte a esas tareas.
Supongo que es el motivo por el que este Zelda tiene una historia que, según decís, no llega a la altura de los anteriores, para dar lugar a que el mundo abierto merezca la pena. Aunque yo creo que en la mayoría de los casos no es que la historia no sea buena, sino que queda diluida en medio de todo lo demás y por eso no nos marca tanto como si todo el juego fuera historia.